Directory structure:
└── metagentools-graphbin2/
├── README.md
├── environment.yml
├── LICENSE
├── mkdocs.yml
├── pyproject.toml
├── .readthedocs.yaml
├── docs/
│ ├── citation.md
│ ├── index.md
│ ├── install.md
│ ├── preprocess.md
│ ├── requirements.txt
│ ├── results.md
│ ├── support.md
│ ├── usage.md
│ └── workflow.md
├── src/
│ └── graphbin2/
│ ├── __init__.py
│ ├── cli.py
│ ├── graphbin2_Flye.py
│ ├── graphbin2_MEGAHIT.py
│ ├── graphbin2_SGA.py
│ ├── graphbin2_SPAdes.py
│ ├── bidirectionalmap/
│ │ ├── __init__.py
│ │ └── bidirectionalmap.py
│ └── support/
│ ├── README.md
│ └── prepResult.py
├── tests/
│ ├── test_cli.py
│ ├── test_graphbin2.py
│ ├── test_support.py
│ └── data/
│ ├── 1Y3B_Flye/
│ │ ├── abundance.tsv
│ │ ├── assembly_info.txt
│ │ └── initial_binning_res.csv
│ ├── ESC_MEGAHIT/
│ │ └── initial_binning_res.csv
│ └── Sim-5G+metaSPAdes/
│ ├── abundance.abund
│ └── initial_contig_bins.csv
└── .github/
├── ISSUE_TEMPLATE/
│ ├── bug_report.md
│ ├── custom.md
│ └── feature_request.md
└── workflows/
├── codeql.yml
├── python-publish.yml
└── testing.yml
