Directory structure:
└── common-workflow-lab-gxargparse/
├── README.md
├── example.py
├── example.xml
├── LICENSE.TXT
├── MANIFEST.in
├── requirements.txt
├── setup.cfg
├── setup.py
├── argparse/
│ ├── __init__.py
│ ├── argparse_cwl_translation.py
│ └── argparse_galaxy_translation.py
├── click/
│ ├── __init__.py
│ └── click_cwl_translation.py
├── cmdline2cwl/
│ ├── __init__.py
│ ├── cwl_tool.py
│ └── templates/
│ ├── cwltool.j2
│ ├── cwltool_inputs.j2
│ └── cwltool_outputs.j2
├── examples/
│ ├── argparse/
│ │ └── cnvkit-tools/
│ │ ├── check_wrappers_in_dir.sh
│ │ ├── cnvkit-access.cwl
│ │ ├── cnvkit-antitarget.cwl
│ │ ├── cnvkit-batch.cwl
│ │ ├── cnvkit-breaks.cwl
│ │ ├── cnvkit-call.cwl
│ │ ├── cnvkit-coverage.cwl
│ │ ├── cnvkit-diagram.cwl
│ │ ├── cnvkit-export-bed.cwl
│ │ ├── cnvkit-export-cdt.cwl
│ │ ├── cnvkit-export-jtv.cwl
│ │ ├── cnvkit-export-nexus-basic.cwl
│ │ ├── cnvkit-export-nexus-ogt.cwl
│ │ ├── cnvkit-export-seg.cwl
│ │ ├── cnvkit-export-theta.cwl
│ │ ├── cnvkit-export-vcf.cwl
│ │ ├── cnvkit-fix.cwl
│ │ ├── cnvkit-gainloss.cwl
│ │ ├── cnvkit-gender.cwl
│ │ ├── cnvkit-heatmap.cwl
│ │ ├── cnvkit-import-picard.cwl
│ │ ├── cnvkit-import-seg.cwl
│ │ ├── cnvkit-import-theta.cwl
│ │ ├── cnvkit-loh.cwl
│ │ ├── cnvkit-metrics.cwl
│ │ ├── cnvkit-reference.cwl
│ │ ├── cnvkit-rescale.cwl
│ │ ├── cnvkit-scatter.cwl
│ │ ├── cnvkit-segment.cwl
│ │ ├── cnvkit-segmetrics.cwl
│ │ ├── cnvkit-target.cwl
│ │ ├── cnvkit-version.cwl
│ │ ├── data.json
│ │ ├── genome2access.cwl
│ │ ├── genome2access.py
│ │ └── output.txt
│ └── click/
│ └── genmod-tools/
│ ├── genmod-annotate.cwl
│ ├── genmod-build.cwl
│ ├── genmod-compound.cwl
│ ├── genmod-filter.cwl
│ ├── genmod-models.cwl
│ ├── genmod-score.cwl
│ └── genmod-sort.cwl
├── gxargparse/
│ ├── __init__.py
│ └── check_path.py
└── test/
├── __init__.py
├── cwl_classes.py
├── test_arg2cwl.py
├── test_click2cwl.py
├── test_utils.py
└── test-data/
├── index.cwl
├── index.py
├── index_new.cwl
├── inp.txt
├── inp.txt.idx1
├── job.json
├── main.cwl
├── search.cwl
├── search.py
└── search_new.cwl
